Der böhmische Adelige Thomas Zachäus Czernin kaufte 1688 dem Kaiserlichen Postmeister Johann Saar das „behauste Guet zu Möllersdorf“ um 1.200 Gulden ab. In einer Bauzeit von rund elf Jahren wird hier das Adelspalais errichtet. 1740 erwirbt Carl Alexander, Herzog von Lothringen und Bar, Schwager von Kaiserin Maria Theresia, das Haus um 10.000 Gulden und verwendet es als Jagdschloss.
Carl Alexander vererbt seine Besitztümer an Kaiser Joseph II., der das Schlössl dem Militär widmet. Nach Adaptierungsarbeiten wurde das Haus 1782 eine Kaserne mit Militärspital. 90 Jahre später, 1872, lässt Kaiser Franz Joseph das Schlössl in eine Militär-Strafanstalt umwandeln.
1927 kauft die Stadtgemeinde Traiskirchen unter Bürgermeister Johann Schuster das komplette Areal um 128.500 Schilling, um dort Gemeindewohnungen zu errichten. Im Jahr 2004 schließlich, nach umfangreichen Renovierungsarbeiten an dem Barock-Juwel, eröffnen Traiskirchens Bürgermeister Fritz Knotzer und NÖ-Landesrätin Christa Kranzl am 12. Juni den Landeskindergarten im Schlössl Möllersdorf.
